平成２６年４月１日より「独立行政法人 地域医療機能推進機構Japan Community Health care Organization（JCHO：ジェイコー）」が直接運営する公設・公営の病院へと移行することとなりました。
これに伴い、「健康保険 熊本総合病院」は、「独立行政法人地域医療機能推進機構 熊本総合病院」と名称が変更になりました。